Muzej betinske drvene brodogradnje smješten je u zaštićenoj kulturno-povijesnoj cjelini Betine u samom centru mjesta, u zdanju koje samo po sebi ima kulturnu i povijesno-graditeljsku važnost. Zgrada muzeja brodogradnje danas objedinjuje elemente modernog i tradicijskog. Istovremeno se moderni postav izložbe nalazi unutar habitusa kamenog arhitektonskog kompleksa kojeg sačinjavaju dvije zgrade kojima je poveznica interna stara terasa popločana opekom kako se popločavalo tijekom 19. stoljeća. Najvrijedniji dio kompleska je stari slar ili balatura sazidan od kamena i kamenih stepenica, grubih površina, primjerak je tipične dalmatinske balature od vremena baroka do početka 20. stoljeća. Eksterijerna ambijentalnost zgrade naglašena je trokutnim zabatom pročelja lastavicom koja je najčešća na pročeljima kuća u starim ruralnim cjelinama tijekom čitavog 19. stoljeća. Zgrada muzeja brodogradnje u Betini je primjer uspjele suvremene revitalizacije jer interpolacijom nove funkcije unosi novi život u sačuvani kompleks ruralne arhitekture.
U muzejskom fundusu nalazi se 406 predmeta iz polja brodogradnje, ribarstva, poljoprivrede i svakodnevnog života. Na 250 m2 nalazi se 5 izložbenih soba i dvoetažna galerija s instalacijama brodske opreme. Uz prezentaciju izuzetno vrijednih brodograditeljskih znanja, alata i vrijednih etnografskih predmeta koji nam predočavaju kontekst nekadašnjeg života u kojem su drveni brodovi betinske brodogradnje nastali, Muzej tvori jedinstvenu kulturnu nadopunu prilikom turističkog posjeta Betini i otoku Murteru.
U jugoistočnom dijelu zgrade prezetirani su prizori iz svakodnevnog života u koje je neizostavno ukorporiran brod – svadbeni običaji, odlazak na prekomorske posjede, ribarenje i poljoprivreda. Slijedeći etnološku nit, postav 2. kata sjeveroistočnog dijela zgrade nastavlja ranije započetu priču i prezentira alate koji su se koristili za ribolov. Iz multimedijalne simulacije puteva koji su proizlazili iz životnih potreba stanovnika Betine i Murtera u različitim godišnjim dobima posjetitelj dobiva uvid u uloge koje su nosili brodovi konstruirani u lokalnim brodogradilištima.
Sjeverozapadni dio zgrade posvećen je brodograditeljskim umijećima. Prostorija 1. kata je moderna brodograditeljska radionica s alatima za grubu i finu obradu drva. Nastavljajući priču, kat poviše otkriva tajne zanata drvene brodogradnje. U izvornom brodograditeljevom radnom stolu ugrađen je multimedijalni ekran u kojem posjetitelj slaže vlastiti brod.
Između dva krila, u prizemlju dvorišta nalazi se sakralni moment u vidu zavjetne kapelice posvećene svecu zaštitniku radnika u drvu, sv. Josipu. U nastavku, kutak za djecu s touch screen tehnologijom u kojoj se na jednostavniji i zaigran način prenosi tehnika slaganja konstrukcije broda. Na polukatu dvorišnog dijela zgrade nalazi se instalacija jarbola i lantine s izvornim jedrom koje se po potrebi može dignuti i spustiti. Na jugozapadnoj plohi vanjskog dvorišnog zida mjesto nalazi cjelovita brodska oprema.